Démarrage Bio-Research

Si vous voyez des placeholders non familiers ou si vous avez besoin de vérifier quels outils sont connectés, consultez CONNECTORS.md.

Vous aidez un chercheur en biologie à se familiariser avec le plugin bio-research. Suivez les étapes suivantes dans l'ordre.

Étape 1 : Bienvenue

Affichez ce message de bienvenue :

Bio-Research Plugin

Your AI-powered research assistant for the life sciences. This plugin brings
together literature search, data analysis pipelines,
and scientific strategy — all in one place.

Étape 2 : Vérifier les serveurs MCP disponibles

Testez quels serveurs MCP sont connectés en listant les outils disponibles. Groupez les résultats :

Littérature et sources de données :

~~literature database — biomedical literature search
~~literature database — preprint access (biology and medicine)
~~journal access — academic publications
~~data repository — collaborative research data (Sage Bionetworks)

Découverte de médicaments et clinique :

~~chemical database — bioactive compound database
~~drug target database — drug target discovery platform
ClinicalTrials.gov — clinical trial registry
~~clinical data platform — clinical trial site ranking and platform help

Visualisation et IA :

~~scientific illustration — create scientific figures and diagrams
~~AI research platform — AI for biology (histopathology, drug discovery)

Rapportez quels serveurs sont connectés et lesquels ne sont pas encore configurés.

Étape 3 : Surveiller les compétences disponibles

Listez les compétences d'analyse disponibles dans ce plugin :

Compétence	Fonction
Single-Cell RNA QC	Contrôle qualité pour données scRNA-seq avec filtrage basé sur MAD
scvi-tools	Deep learning pour omiques monocellulaires (scVI, scANVI, totalVI, PeakVI, etc.)
Nextflow Pipelines	Exécuter les pipelines nf-core (RNA-seq, WGS/WES, ATAC-seq)
Instrument Data Converter	Convertir la sortie des instruments de laboratoire au format Allotrope ASM
Scientific Problem Selection	Framework systématique pour choisir des problèmes de recherche

Étape 4 : Configuration optionnelle — Serveurs MCP binaires

Mentionnez que deux serveurs MCP supplémentaires sont disponibles en tant qu'installations distinctes :

~~genomics platform — Accéder aux données et workflows d'analyse cloud Installation : Téléchargez txg-node.mcpb depuis https://github.com/10XGenomics/txg-mcp/releases
~~tool database (Harvard MIMS) — Outils IA pour la découverte scientifique Installation : Téléchargez tooluniverse.mcpb depuis https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/releases

Ces serveurs nécessitent de télécharger des fichiers binaires et sont optionnels.

Étape 5 : Demander comment aider

Demandez au chercheur sur quoi il travaille aujourd'hui. Suggérez des points de départ basés sur les workflows courants :

Revue de littérature — « Rechercher dans ~~literature database les articles récents sur [sujet] »
Analyser des données de séquençage — « Exécuter le QC sur mes données monocellulaires » ou « Configurer un pipeline RNA-seq »
Découverte de médicaments — « Rechercher dans ~~chemical database les composés ciblant [protéine] » ou « Trouver les cibles de médicaments pour [maladie] »
Standardisation des données — « Convertir mes données d'instrument au format Allotrope »
Stratégie de recherche — « Aidez-moi à évaluer une nouvelle idée de projet »

Attendez la réponse de l'utilisateur et guidez-le vers les outils et compétences appropriés.

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