ginkgo-cloud-lab

Par mkurman · zorai

Soumettez et gérez des protocoles sur Ginkgo Bioworks Cloud Lab (cloud.ginkgo.bio), une interface web pour l'exécution autonome en laboratoire sur des Reconfigurable Automation Carts (RACs). À utiliser lorsque l'utilisateur souhaite réaliser de l'expression protéique cell-free (validation ou optimisation), générer du pixel art fluorescent, ou interagir avec les services Ginkgo Cloud Lab. Couvre la sélection de protocoles, la préparation des entrées, la tarification et les workflows de commande.

npx skills add https://github.com/mkurman/zorai --skill ginkgo-cloud-lab

Ginkgo Cloud Lab

Aperçu

Ginkgo Cloud Lab (https://cloud.ginkgo.bio) fournit un accès à distance à l'infrastructure de laboratoire autonome de Ginkgo Bioworks. Les protocoles sont exécutés sur des Reconfigurable Automation Carts (RACs) -- des unités modulaires équipées de bras robotisés, d'un transport d'échantillons par maglev et d'un logiciel de qualité industrielle couvrant 70+ instruments.

La plateforme inclut également EstiMate, un agent IA qui accepte des descriptions de protocoles en langage naturel et retourne des évaluations de faisabilité et des tarifs pour des workflows personnalisés au-delà des protocoles listés.

Protocoles disponibles

1. Cell Free Protein Expression Validation

Dépistage d'expression rapide go/no-go utilisant CFPS E. coli reconstitué. Soumettez une séquence FASTA (jusqu'à 1800 pb) et recevez une confirmation d'expression, un titre de base (mg/L) et une pureté initiale avec images de gel virtuel.

2. Cell Free Protein Expression Optimization

Optimisation basée sur DoE sur jusqu'à 24 conditions par protéine (lysats, températures, chaperons, intensificateurs de disulfure, cofacteurs). Conçu pour les protéines difficiles à exprimer et les protéines membranaires.

3. Fluorescent Pixel Art Generation

Transformez une image pixel art (48x48 à 96x96 px, PNG/SVG) en œuvre d'art bactérienne fluorescente utilisant jusqu'à 11 souches E. coli via un dispensage acoustique. Livré sous forme de photographies UV haute résolution.

Flux de commande général

  1. Sélectionnez un protocole sur https://cloud.ginkgo.bio/protocols
  2. Configurez les paramètres (nombre d'échantillons/protéines, réplicats, plaques)
  3. Téléchargez les fichiers d'entrée (FASTA pour les protocoles protéiques, PNG/SVG pour pixel art)
  4. Ajoutez tout besoin spécial dans le champ Détails supplémentaires
  5. Soumettez et recevez un rapport de faisabilité et un devis tarifaire

Pour les protocoles non listés ci-dessus, utilisez le chat EstiMate pour décrire un protocole personnalisé en langage naturel et recevez une évaluation de compatibilité et un tarif.

Authentification

Accédez à Ginkgo Cloud Lab sur https://cloud.ginkgo.bio. La création d'un compte ou l'accès institutionnel peut être requis. Contactez Ginkgo à cloud@ginkgo.bio pour toute question d'accès.

Infrastructure clé

  • RACs (Reconfigurable Automation Carts) : Unités robotisées modulaires avec bras de haute précision et transport par maglev
  • Catalyst Software : Orchestration de protocole, planification, paramétrisation et surveillance en temps réel
  • 70+ instruments intégrés : Préparation d'échantillons, pipetage, analyses, stockage, incubation
  • Nebula : Installation de laboratoire autonome de Ginkgo à Boston, MA

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