mimic

Vue d'ensemble

MIMIC (Medical Information Mart for Intensive Care) fournit des données de soins intensifs : signes vitaux, analyses biologiques, médicaments, notes, diagnostics. Outils pour interroger MIMIC-III/IV, construire des features ML et reproduire des benchmarks cliniques.

Accès

Demander l'accès à https://physionet.org/content/mimiciv/ -- nécessite une formation CITI sur l'utilisation des données.

Installation

uv pip install psycopg2 pandas

Analyse Python

import pandas as pd
from sqlalchemy import create_engine

engine = create_engine("postgresql://user:pass@localhost:5432/mimiciv")

# Signes vitaux des 24 premières heures
query = """
SELECT subject_id, charttime, valuenum
FROM mimiciv_icu.chartevents
WHERE itemid = 220045
AND valuenum IS NOT NULL
LIMIT 100
"""
hr = pd.read_sql(query, engine)

Workflow

1. Demander l'accès à MIMIC (physionet.org)
2. Charger MIMIC-IV dans PostgreSQL
3. Interroger les séjours en soins intensifs, diagnostics, analyses biologiques, médicaments, notes
4. Extraire les features (signes vitaux au fil du temps, analyses biologiques à l'admission, scores de comorbidité)
5. Construire des benchmarks ML (mortalité intra-hospitalière, prédiction de durée de séjour, détection de sepsis)