total-segmentator

Aperçu

TotalSegmentator segmente 104+ structures anatomiques dans les images CT en utilisant des modèles basés sur nnUNet. Exécutez une segmentation du corps complet, d'organes ou d'os avec une seule commande CLI.

Installation

uv pip install TotalSegmentator

Utilisation CLI

# Segmentation du corps complet (104 structures)
TotalSegmentator -i input_ct.nii.gz -o output_seg.nii.gz

# Segmentation organes uniquement (foie, reins, rate, etc.)
TotalSegmentator -i input_ct.nii.gz -o organ_seg.nii.gz -ta organ

# Os appendiculaires
TotalSegmentator -i input_ct.nii.gz -o bone_seg.nii.gz -ta appendicular_bones

API Python

from totalsegmentator.python_api import totalsegmentator

segmentation = totalsegmentator("input_ct.nii.gz", "output_seg.nii.gz")

Flux de travail

1. Obtenir un scan CT au format NIfTI
2. Exécuter TotalSegmentator -i input.nii.gz -o output.nii.gz
3. Types de tâche : total (104 structures), organ, vertebra, ribs, appendicular_bones
4. La sortie est un masque de segmentation multi-étiquette
5. Extraire les volumes par étiquette pour une analyse quantitative