Extraction de métadonnées DICOM

Objectif

Utilisé pour extraire des métadonnées sélectionnées d'un fichier DICOM et signaler la présence de PHI de balises standard. Ne convient pas pour l'anonymisation ou l'usage clinique.
Utilisez le wrapper exactement comme documenté ; ne remplacez pas le point d'entrée en amont par une implémentation manuscrite.
Manifest I/O : les entrées sont dicom_path ; les sorties sont metadata_json.

Instructions

Consultez skill_manifest.yaml avant de modifier les arguments, les effets secondaires ou les portes de validation.
Exécutez scripts/extract_metadata.py via la commande documentée ci-dessous ; gardez les sorties sous un répertoire d'exécution fourni par l'appelant.
Si un agent hôte expose run_script, utilisez run_script("scripts/extract_metadata.py", args=[...]); sinon, exécutez la commande Bash/Python affichée ci-dessous.
Vérifiez le JSON émis et exécutez medagent.verifiers.dicom_metadata_quality_v1 sur les packs de preuves avant de traiter l'exécution comme une preuve examinée.

Scripts disponibles

Script	Objectif	Arguments
`scripts/extract_metadata.py`	Point d'entrée principal déclaré par skill_manifest.yaml.	`PATH_TO_DICOM [--output OUT.json]`

Prérequis

Exigences d'exécution : packages Python listés dans runtime.side_effects.pip_packages.
Exécutez les commandes depuis la racine du dépôt sauf indication contraire dans une section existante ci-dessous.

Limitations

Petit sous-ensemble de balises standard inspiré par PS3.15 uniquement ; pas une implémentation complète du profil de confidentialité des applications de base.
Balises privées non vérifiées
PHI incrustée dans les pixels non détectée
Gestion multi-image minimale
Non destiné au déploiement clinique, à la dé-identification réglementaire, au diagnostic autonome, à l'usage face aux patients.

Dépannage

Erreur	Cause	Solution
Dépendance manquante ou erreur d'import	Dérive des packages d'exécution par rapport à `skill_manifest.yaml`.	Installez les packages déclarés dans le manifest ou utilisez la commande de configuration documentée.
Sortie vide ou non valide selon le schéma	Mauvais chemin d'entrée, modalité non prise en charge, ou défaillance en amont.	Réexécutez avec un fixture connu et inspectez le JSON du wrapper plus stderr.
Défaillance de la porte de validation	La sortie a violé un invariant d'ingénierie déclaré.	Conservez le pack de preuves échoué et utilisez le message de la porte pour réparer les entrées ou le code du wrapper.

Lit un fichier DICOM avec pydicom et émet du JSON sur stdout.

python scripts/extract_metadata.py PATH_TO_DICOM
python scripts/extract_metadata.py PATH_TO_DICOM --output result.json

La sortie inclut transfer_syntax, modality, les métadonnées groupées étude/série/image, phi_present et phi_tags_found.

Utilisez ceci comme le plus petit exemple de bout en bout d'une skill Medical AI Skills. Ne l'utilisez pas pour l'anonymisation, la revue de balises privées, la détection de PHI en pixels ou l'interprétation clinique.

Pour une revue de preuves en deuxième passe, générez une exécution de confiance :

python -m eval_engine.run_trusted skills/dicom-metadata-extract \
  --fixture skills/dicom-metadata-extract/fixtures/sample_ct.dcm \
  --out runs/dicom_metadata_trusted