GenMol NIM

Générez des molécules de type médicament avec GenMol. Utilisez ce guide pour une première utilisation en mode hébergé ou local ; chargez les fichiers supplémentaires uniquement si nécessaire :

references/api.md : endpoints, schéma, flags Docker, champs de réponse.
references/science.md : cas d'usage, forces, limites et transitions.
references/parameters.md : motifs SAFE et effets de réglage.
references/validation.md : vérifications chimiques et d'artefacts.
references/examples.md : motifs de requête compacts.

Choisir le mode

Posez la question uniquement si le contexte est flou :

API NVIDIA hébergée ou NIM Docker local ?

Hébergé : https://health.api.nvidia.com/v1/biology/nvidia/genmol/generate
Local : http://localhost:8000/generate

Les requêtes hébergées utilisent Authorization: Bearer $NGC_API_KEY. Le démarrage Docker local pris en charge utilise NGC_API_KEY (ou NVIDIA_API_KEY via le préflight) pour la connexion au registre, les vérifications d'entitlement et les téléchargements de modèles à la première exécution ; passez-le au conteneur avec -e NGC_API_KEY. Les requêtes d'inférence locales n'utilisent aucun header d'authentification après readiness. Le démarrage sans clé avec cache chaud varie selon l'image/version et ne doit pas être supposé.

Docker local

Utilisez d'abord l'env shell ; sourcez le .env à la racine du repo uniquement s'il existe. N'imprimez pas les clés. Pour les réponses de configuration locale, incluez cette séquence : préflight env, docker login, docker run, boucle readiness, puis une requête localhost sans authentification. N'inventez pas de cache par défaut et ne supprimez pas le fallback NVIDIA_API_KEY.

Pour le préflight de démarrage exact (sourçage de .env, fallback NVIDIA_API_KEY, --shm-size=2G, les deux flags --ulimit, docker login et le docker run pour nvcr.io/nim/nvidia/genmol:1.0.1), copiez le bloc de commande dans references/api.md sous Docker run reference verbatim.

GenMol est mono-GPU ; NIM_TEST_GPU a pour défaut 0. Attendez la readiness :

until curl -sf http://localhost:8000/v1/health/ready; do sleep 5; done

Entrée SAFE

Le champ API s'appelle smiles, mais GenMol s'attend à la notation SAFE. Les positions masquées utilisent [*{min-max}].

De novo : safe_input = "[*{20-30}]"
Décoration d'échafaudage : safe_input = scaffold_to_safe("C1CC(=O)NC1", 10, 15)
Extension de motif : safe_input = f"[*{{5-10}}].{motif_safe}.[*{{5-10}}]"
Optimisation de lead : encodez le hit, puis remplacez un fragment par .[*{5-12}]

Utilisez safe-mol pour la génération conditionnée. Les échafaudages en anneau simples peuvent lever SAFEFragmentationError ; repliez-vous sur le SMILES original plus un masque SAFE.

Voir l'helper scaffold_to_safe dans references/examples.md sous Scaffold Decoration.

Les masques plus larges augmentent la diversité ; les masques serrés maintiennent la taille des analogues plus prévisible.

Motif de requête

import os
import requests

HOSTED = True
url = (
    "https://health.api.nvidia.com/v1/biology/nvidia/genmol/generate"
    if HOSTED else "http://localhost:8000/generate"
)
headers = {"Content-Type": "application/json"}
if HOSTED:
    headers["Authorization"] = f"Bearer {os.getenv('NGC_API_KEY')}"

payload = {
    "smiles": "[*{20-30}]",  # notation SAFE
    "num_molecules": 30,
    "temperature": "1.0",    # chaîne, pas float
    "noise": "1.0",          # chaîne, pas float
    "step_size": 1,
    "scoring": "QED",        # ou "LogP"
    "unique": False,
}

response = requests.post(url, headers=headers, json=payload, timeout=180)
response.raise_for_status()
result = response.json()

Pièges :

temperature et noise sont des chaînes.
num_molecules est 1-1000 ; les molécules invalides/dupliquées peuvent être filtrées, donc demandez plus quand l'utilisateur a besoin d'un nombre minimum.
scoring est "QED" pour la ressemblance aux médicaments ou "LogP" pour la lipophilie.
Définissez unique=True pour les listes d'analogues dédupliquées.

Enregistrer et reporter la sortie

Triez les molécules par score, imprimez les meilleures rangs et écrivez un fichier .smi comme montré dans references/examples.md sous Save Ranked Results. Pour la validité chimique, l'unicité, les alertes PAINS et la visualisation avec RDKit, lisez references/validation.md.

Limites et dépannage

Moins de molécules que demandé est attendu après filtrage.
Les chaînes SAFE invalides causent status: "failed" ou des erreurs de validation.
Installez safe-mol uniquement pour les workflows d'échafaudage, motif ou optimisation de lead ; les masques de novo fonctionnent sans conversion.
Le démarrage local télécharge environ 20 GB dans LOCAL_NIM_CACHE.
Problèmes de conteneur : confirmez nvidia-smi, NVIDIA Container Toolkit et --runtime=nvidia ; utilisez NIM_TEST_GPU pour choisir le seul GPU visible.

genmol-nim