i4h Catheter Navigation - Smoke End-to-End

Purpose

Exécuter un pipeline smoke v0.7 : vérifier la configuration, construire un digital twin à partir d'un sujet TotalSegmentator, générer un DRR depuis le cache, et exécuter des tests unitaires CPU. Ignore le viewport interactif (nécessite un affichage).

Base Code

ROOT="${I4H_WORKFLOWS:-$(git rev-parse --show-toplevel 2>/dev/null)}"
if [ ! -d "$ROOT/workflows/catheter_navigation" ]; then
  ROOT="${I4H_WORKFLOWS:-$HOME/i4h-workflows}"
  [ -d "$ROOT/workflows/catheter_navigation" ] || git clone https://github.com/isaac-for-healthcare/i4h-workflows "$ROOT"
fi
export I4H_WORKFLOWS="$ROOT"; cd "$ROOT"

Basics

Les étapes correspondent à des skills individuels ; cette skill les chaîne avec RUN_DIR et CACHE partagés.

Étape	Skill
setup + smoke CPU	[[i4h-catheter-navigation-setup]]
digital twin	[[i4h-catheter-navigation-digital-twin]]
GPU DRR	[[i4h-catheter-navigation-render-drr]]
unittest	[[i4h-catheter-navigation-smoke]]

Run

Exécutez les étapes ci-dessous dans l'ordre. Chaque étape est un appel bash distinct ; les variables persistent dans la session tmux de l'agent local.

Step 1 - initialize run

REPO_ROOT="${I4H_WORKFLOWS:-$(git rev-parse --show-toplevel 2>/dev/null)}"; [ -d "$REPO_ROOT/workflows/catheter_navigation" ] || REPO_ROOT="$HOME/i4h-workflows"
WF_ROOT="${REPO_ROOT}/workflows/catheter_navigation"
RUN_DIR="${WF_ROOT}/runs/e2e_$(date +%Y%m%d_%H%M%S)"
mkdir -p "${RUN_DIR}/logs"
ln -sfn "${RUN_DIR}" "${WF_ROOT}/runs/.latest"
CACHE="${CACHE:-/tmp/ct_cache}"
SUBJ="${SUBJ:-}"
export I4H_WORKFLOWS="$REPO_ROOT"

Step 2 - setup verify

Suivez [[i4h-catheter-navigation-setup]] étapes 1-3 ; redirigez vers ${RUN_DIR}/logs/setup.log.

Step 3 - digital twin (requires SUBJ)

Définissez SUBJ sur un sujet TotalSegmentator extrait, puis suivez [[i4h-catheter-navigation-digital-twin]] étapes 3-4.

Si SUBJ n'est pas défini, passez à l'étape 4 avec DRR synthétique uniquement et notez e2e partiel dans le résumé.

Step 4 - render DRR

Si l'étape 3 a réussi, définissez CACHE et suivez la variante cache de [[i4h-catheter-navigation-render-drr]]. Sinon, exécutez le rendu synthétique vers ${RUN_DIR}/drr_synthetic.png.

Step 5 - smoke tests

Suivez [[i4h-catheter-navigation-smoke]] ; enregistrez dans ${RUN_DIR}/logs/smoke.log.

Step 6 - summary

cat > "${RUN_DIR}/logs/SUMMARY.txt" <<EOF
Catheter navigation e2e smoke
RUN_DIR=${RUN_DIR}
CACHE=${CACHE}
SUBJ=${SUBJ:-<skipped>}
Artifacts:
  $(ls -1 "${RUN_DIR}" 2>/dev/null || true)
EOF
cat "${RUN_DIR}/logs/SUMMARY.txt"

Flags (informal)

Ignorer digital twin quand SUBJ n'est pas défini -> DRR synthétique uniquement.
Ajouter le viewport manuellement via [[i4h-catheter-navigation-viewport]] si un affichage est disponible.

Outputs

RUN_DIR/logs/ - logs par étape et SUMMARY.txt
RUN_DIR/drr.png ou drr_synthetic.png - frame généré
CACHE/ - artefacts du digital twin si l'étape 3 a été exécutée

Prerequisites

Exigences d'hôte de [[i4h-catheter-navigation-setup]].
SUBJ pour un e2e complet (sinon smoke partiel).
GPU pour le rendu cache de l'étape 4.

Limitations

Ne lance pas le viewport interactif (affichage requis).
Ne couvre pas les boucles d'entraînement RL/IL.

Troubleshooting

Exécution partielle sans données CT - prévu ; documentez quelles étapes ont été exécutées.
Échec du rendu GPU - basculez vers DRR synthétique et signalez la lacune de configuration GPU.

Final Response

Imprimez RUN_DIR, étapes complétées/ignorées, chemin de sortie DRR, statut smoke-test, et recommandez [[i4h-catheter-navigation-viewport]] pour la démo interactive.

i4h-catheter-navigation-e2e