Parabricks

Objectif

Utilisez ce skill pour découvrir la bonne commande NVIDIA Parabricks pbrun, évaluer la préparation à l'exécution et générer des conseils de commande tenant compte de la version pour les outils individuels.

N'utilisez pas ce skill pour l'inspection de workflow complet, la planification d'accélération ou le câblage de branches GPU optionnelles. Pour les travaux au niveau du pipeline, utilisez genomics-workflow-acceleration.

Quand utiliser ce skill

• Quel outil pbrun convient aux données et objectifs de l'utilisateur
• Préparation GPU, driver, Docker, conteneur, stockage ou installation
• Forme de commande, drapeaux et validation pour un outil Parabricks spécifique
• Compatibilité de référence/index et traduction d'options CPU vers Parabricks
• Dépannage d'une commande Parabricks unique ou d'une famille d'outils
• Questions de planification uniquement ou « ne pas exécuter » concernant un outil pbrun nommé (par exemple compatibilité de référence/index, dénomination de sortie ou validité des drapeaux). Utilisez les références de ce skill pour répondre ; ne le contournez pas sous prétexte que rien ne sera exécuté.

Prérequis

• Conseils de commande : Aucune accréditation Parabricks/NGC ou runtime GPU/conteneur local n'est requis pour lire les références ou générer des commandes.
• Assistant de préparation : Nécessite Bash et l'utilitaire GNU coreutils timeout (ou gtimeout) sur l'hôte inspecté. Les composants runtime manquants sont signalés comme des lacunes de préparation ; sans utilitaire timeout, il s'arrête avant d'exécuter les sondes.
• Assistant de traduction STAR : Nécessite Python 3.7 ou plus récent, utilisant uniquement la bibliothèque standard. Il ne nécessite ni GPU ni installation Parabricks.
• Exécution : Les commandes Docker documentées nécessitent un hôte Linux compatible, un GPU NVIDIA avec suffisamment de mémoire, un driver NVIDIA compatible, Docker, NVIDIA Container Toolkit et un accès à l'image Parabricks sélectionnée. L'extraction de l'image peut nécessiter une clé API NGC pour l'authentification auprès de nvcr.io. Consultez runtime-environment.md pour les exigences et vérifications spécifiques à la version.

Portée de l'outil : lire les références de ce skill et les manifestes fournis par l'utilisateur ; écrire uniquement les artefacts de commande demandés. Utilisez les assistants fournis pour la traduction ou une inspection d'hôte autorisée. Les recherches de documentation utilisent docs.nvidia.com ; l'accès aux images utilise le registre sélectionné uniquement pour l'exécution de conteneurs autorisée. Ces instructions n'accordent pas les permissions des outils ; la politique de permissions de l'hôte s'applique toujours à l'accès shell, fichier, réseau et MCP de documentation optionnel.

Entrées

Utilisez les arguments explicites de l'utilisateur et les manifestes fournis comme source de vérité ; utilisez le contexte antérieur uniquement là où il n'entre pas en conflit. Lisez un manifest nommé avant de le traduire. Pour les conseils de commande, identifiez l'essai, les chemins d'entrée, la provenance de référence/index, les sorties et la version cible. Posez uniquement des questions sur les faits manquants qui changent la réponse ; étiquetez les valeurs de template non résolues comme des espaces réservés. Les entrées requises sont les arguments de lecture/référence et de sortie de l'outil sélectionné. Les entrées optionnelles incluent les intervalles, les packs de ressources, les logs et les paramètres d'ajustement lorsqu'ils sont supportés par cet outil ; ne les inventez pas pour compléter un template. Les questions spécifiques au runtime n'ont pas besoin de métadonnées d'exemple. Les chemins de déploiement fournis ne vous autorisent pas à sonder les données ou le matériel locaux.

Si l'utilisateur ne sait pas quel outil s'applique, scannez l'Index de référence des outils ci-dessous, puis chargez le fichier references/pbrun-<tool>.md correspondant.

Limitations

Ce skill route et guide les commandes Parabricks. Il n'installe pas Parabricks, ne déduit pas les métadonnées d'échantillon manquantes, ne garantit pas la parité des sorties, ne fournit pas d'interprétation clinique et ne promet pas un runtime exact sans données de benchmark.

Instructions

1. Identifiez la version demandée. Les références d'options couvrent v4.7.1 ; les exemples d'une autre version sont étiquetés. Une version logicielle et une balise d'image peuvent différer : l'image NVIDIA 4.7.1 est balisée 4.7.1-1. Conservez la sélection d'image vérifiée par l'utilisateur ; utilisez command-conventions.md pour le contrat de lancement et de validation partagé.
2. Classifiez la demande :
   • Runtime → runtime-environment.md
   • Découverte d'outil → Index de référence des outils (ci-dessous)
   • Commande spécifique → references/pbrun-<tool>.md correspondant. Lisez-le avant toute recherche web ou requête MCP ; utilisez-les uniquement pour vérifier les détails sensibles aux versions que la référence ne résout pas.
3. Combinez le mappage spécifique à l'outil avec les lignes shared-options.md dont la colonne Tools nomme la commande sélectionnée. Pour les tableaux d'arguments STAR ou les lots multi-voies, utilisez l'assistant de traduction local ; il préserve les tokens et signale les sémantiques non mappées sans exécuter une charge de travail.
4. Collectez le contexte biologique et système de fichiers manquant avant de générer des commandes.
5. Retournez la commande ou l'artefact demandé avec les suppositions non résolues. Pour les travaux de planification uniquement, vérifiez le texte de la commande par rapport aux références et aux faits fournis. Les vérifications de système de fichiers, conteneur et sortie s'appliquent uniquement à une exécution autorisée. Ne transformez pas la préparation de commande en inspection de préparation.

Scripts disponibles

Exécutez-les depuis le répertoire du skill contenant ce fichier ; les chemins sont relatifs à ce répertoire. Consultez les prérequis des assistants ci-dessus.

Format de sortie

Pour les explications, donnez la décision, la commande complète et les vérifications restantes. Pour les demandes de fichiers, écrivez le chemin et le schéma spécifiés, puis relisez et validez l'artefact par rapport au manifest d'entrée. Signalez tous les ID de tâche, les options omises et les contrats de sortie non résolus. Ne remplacez pas les valeurs fournies par des exemples illustratifs. Le JSON de l'assistant runtime contient schema_version, checks et les résultats de préparation ; le traducteur émet status, draft_argv, command, notes, issues et untranslated pour chaque demande.

Index de référence des outils

Si la commande est nommée, ouvrez references/pbrun-<command>.md directement. Pour la sélection d'outil et les liens du manuel officiel, utilisez tool-index.md. Routes courantes :

Exemples

Préparation à l'exécution

Pour les questions GPU, driver, Docker, conteneur, stockage ou installation, lisez runtime-environment.md et préférez :

bash scripts/check_parabricks_runtime.sh --format json

Ajoutez --path <dir> pour les chemins d'entrée/sortie/tmp connus. Exécutez les sondes de conteneur uniquement avec le consentement de l'utilisateur.

Traduction STAR

python3 scripts/translate_star_to_parabricks.py --input requests.json

Préparez la demande en utilisant le schéma de traduction. Examinez issues et untranslated avant d'utiliser le brouillon. Les références d'outils montrent la partie pbrun ; l'enveloppe de conteneur partagée est documentée une seule fois dans command-conventions.md.

Dépannage

Garde-fous

• Traitez la disponibilité des commandes et les options comme sensibles à la version.
• N'inférez pas les drapeaux exacts à partir des noms de commandes seuls.
• Ne collapséz pas les outils autonomes et les pipelines complets lors de l'explication des compromis.
• Ne substituez pas le DNA fq2bam à l'ARN, ou les appelants germinaux aux appelants somatiques.
• N'inventez pas les noms d'échantillons, les groupes de lecture, les constructions de référence, les fichiers de sites connus, les fichiers modèle, les ressources graphiques, les balises de conteneur ou les chemins de sortie.
• N'installez, n'upgradez ni ne modifiez les packages. Étiquetez les commandes d'installation comme exécutées par l'utilisateur.
• Ne prétendez pas à l'exécution CPU des outils Parabricks.
• Ne revendiquez pas la parité biologique ou VCF sans une série de comparaison.
• Utilisez le serveur MCP de documentation optionnel uniquement pour les détails que les références fournies ne règlent pas. Si sa connexion échoue, évitez les boucles de découverte ou de recherche répétées ; utilisez le manuel officiel. Ne prétendez jamais qu'une recherche échouée a vérifié une option. L'accès à la documentation ne nécessite pas de données génomiques ou d'accréditations.

Références clés

• Serveur MCP documentation Parabricks : https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/_mcp/server
• Index des outils Parabricks : https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/tool-reference
• Précision des sorties et versions logicielles CPU compatibles : https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/about-parabricks/software-overview/output-accuracy-and-compatible-cpu-software-versions
• Prise en main : https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/get-started
• Aperçu : https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/about-parabricks